الخلافات داخل هيئة تحرير الشام ليست نادرة ولكنها فريدة؛ فغالباً ما ينتهي الأمر بالمخالف خارج الهيئة - إما في سجن أو منفى أو في عالمه الخاص؛ كما حدث مع أبي مالك التلي، وأبي العبد أشداء، ...