الفروق بين البكتيريا والفيروسات عديدة، فمثلاً، تتكاثر البكتيريا عن طريق الانقسام وهو من نوع من التكاثر الجنسي، بينما تعمل الفيروسات على اقتحام الخلية والسيطرة عليها وإنتاج نسخ منها هناك. من الفروق أيضاً ان الريبوسومات حاضرة في البكتيريا ولكنها ليست حاضرة في الفيروسات.

ومن أهم الفروق أيضاً أن البكتيريا كائن حي لكن الفيروسات غير حية. كما أن هناك فرق كبير في الحجم، فالبكتيريا أكبر بكثير من الفيروسات. ويوجد للبكتيريا فوائد فيما تعتبر الفيروسات عديمة الفائدة. فرق آخر هو أن للبكتيريا خلية واحدة، أما الفيروسات فلا خلايا لها لأنها ليست كائناً حياً.